Le origini di Cinixellum e di Balsemum (i due originali nuclei) risalgono a oltre 2.000 anni fa, al tempo in cui le legioni romane conquistarono la Gallia Transpadana. Le mappe antiche mostrano infatti le tracce della centuriazione romana: il cardine e il decumano massimo, i due assi principali della centuriazione, si incrociavano dove oggi sorge la Chiesetta di Sant'Eusebio. Per 13 secoli questo rimase il centro della vita civile, sociale e religiosa della comunità di Cinixellum.
Il villaggio di Balsemum si sviluppava invece circa tre chilometri più a sud-est. A Sant'Eusebio sono state rinvenute lapidi pagane del IV secolo e nella chiesetta sono tuttora conservate testimonianze del V secolo.
In epoca longobarda, dopo la morte della regina Teodolinda, probabilmente verso la metà del VII secolo, i contadini vi costruirono la chiesetta dedicata a Sant'Eusebio, usando materiali poveri secondo la disponibilità del luogo: ciottoli, fango e lastre di pietra di epoca romana.
Cinixellum e Balsemum appartenevano alla pieve di Desio. A partire dalla seconda metà del XII secolo tuttavia i contadini di Cinixellum si iniziarono a stabilire all'incirca un miglio più a sud della Chiesetta di Sant'Eusebio, costruendo le proprie case attorno a una vasta area che sarebbe poi divenuta la piazza principale.